Forte de 15 hélicoptères Panther, la flottille 36F est présente sur toutes les mers du globe à travers ses 12 détachements embarqués, principalement sur les frégates de type Jean-Bart, La Fayette, Floréal ou sur porte-avions. Ceux-ci se sont illustrés lors du conflit au Kosovo, en prenant une part active aux opérations de contrôle du trafic maritime autour du groupe aéronaval déployé en Adriatique. La 36F est régulièrement impliquée dans les opérations de police en mer, comme la surveillance des pêches dans les Terres Australes et Antarctiques Françaises (TAAF), ou de lutte contre le traffic de drogue aux Caraïbes. Elle a aussi participé aux plans ORSEC déclenchés lors des inondations dans le sud de la France en 1999. Depuis le 1er juin 2001, un treizième détachement a été créé sur le Guépratte. Au 15 septembre 2000, la flottille 36F totalisait plus de 15000 heures de vol. Le parrainage de la flottille 36F par la ville de Chamalières (Puy-de-Dôme) est agréé le 30 avril 2009.
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