Mis sur cale le 17 juillet 2001 à Lanester (Lorient) sur le site du Rohu par les chantiers Alstom Leroux Naval, le bâtiment hydrographique et océanographique (BHO) Beautemps-Beaupré a été mis à l'eau le 26 avril 2002. La DGA a livré le bâtiment à la Marine nationale le 11 février 2003.

Parti de Lorient, le Beautemps-Beaupré a ensuite rallié Brest, son nouveau port base, le 17 février 2003, où il a été admis au service actif le 13 décembre 2003.

Ce BHO est destiné à poursuivre les missions de l'Espérance et du D'Entrecasteaux. Il effectue des missions militaires ainsi que des travaux d'hydrographie générale pour le compte du Service hydrographique et océanographique de la Marine (SHOM). En 2011, le Beautemps-Beaupré a effectué une mission de 6 mois en Océan Indien et dans le golfe arabo persique.

Le Beautemps-Beaupré a été construit sur la base du navire de recherches halieutiques Thalassa de l'IFREMER, mais a été allongé de 5 mètres pour les besoins spécifiques de la Marine.

Le coût total du navire est évalué à 76 millions d'euros. Le financement est assuré à 95 % par la Marine et à 5 % par Ifremer, à la différence du Pourquoi Pas ? qui est financé à 55 % par Ifremer, le restant par la Marine. Si l'Ifremer ne peut disposer du Beautemps-Beaupré que 10 jours dans l'année, il peut en revanche employer le second bâtiment 215 jours par an.

Le parrainage du Beautemps-Beaupré par la ville de Boulogne-Billancourt (Hauts-de-Seine) a été agréé le 8 avril 2009.