Créée le 15 mai 1944 sous le nom de 8ème Flottille d'Exploration (8FE), elle est engagée dès l'automne de cette même année. Après l'armistice de 1945, elle est envoyée en Indochine, sur Catalina puis sur Privateer à partir de 1950. Elle participe à toutes les opérations de la fin de la campagne et s'illustre au cours de la bataille de Dien Bien Phu. Elle quitte l'Indochine en 1956 et rallie Karouba, où, dès son arrivée, elle participe au maintien de l'ordre en Algérie, sur Privateer puis sur P2V6 Neptune à partir de janvier 1961, avec Lartigue comme base d'affectation. La flottille 28F sera citée 8 fois à l'ordre de l'Armée de Mer dans la période 1945-1960. Il lui sera attribué la fourragère de la Médaille Militaire et de la Légion d'Honneur.
Dissoute en 1963, elle est recréée le 31 mars 2000 sur la BAN d'Hyères. Equipée de Nord 262E et d'Embraer 121 Xingu, la nouvelle 28F a coeur d'être la fidèle descendante de la 28F de Tan Son N'Hut. Depuis le 1er décembre 2000, la 28F s'honore de pouvoir porter la fourragère spéciale aux théâtres d'opérations extérieures attribuée à ses Anciens le 19 janvier 1955. En 2002, la 28F a déménagé d'Hyères pour venir s'installer sur la BAN Nîmes-Garons. Elle sert de support à l'Ecole du Personnel Volant (EPV) en remplacement de l'escadrille 56S dissoute en septembre 2002. Le Nord 262E fait son dernier vol le 25 février 2009, avant d'être officiellement retiré du service le 31 juillet 2009. A cette date ils étaient encore au nombre de 10, tous basés à Nîmes-Garons au sein de la 28F. A l'été 2010, en prélude à la fermeture de la BAN Nîmes-Garons en 2011, les cinq Xingu de la flottille 28F ont rejoint la BAN de Lann-Bihoué (Morbihan). A terme, un détachement de Xingu de la 28F sera, toutefois, positionné sur la BAN d'Hyères. La flottille quitte la base de Nîmes en août 2010 pour prendre ses quartiers sur la BAN Lann-Bihoué en septembre 2010.
Jean-Michel Roche pour Net-Marine. Iconographie Yann Gouliquer © 2010. Copie et usage : cf. droits d'utilisation.
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De
toutes les unités et formations de la marine nationale, la flottille 28F est,
sans contestation possible, celle de l'après guerre qui s'est le plus couvert
de gloire et a été le plus souvent engagée. 
